Раз в десять лет в японском городе Фуюки проходит Война Святого Грааля. Это битва между семерыми парами Мастеров и Слуг. Мастера - волшебники, призывающие Слуг - воинов, которые в прошлом были великими героями. У Слуг есть семь классов: Сейбер (мечник), Арчер (лучник), Лансер (копейщик), Райдер (наездник), Кастер (маг), Берсеркер (воин) и Ассассин (убийца). У каждого Слуги есть свой Небесный Фантазм - легендарное оружие, принадлежащее этому герою и имеющее особые способности. К примеру, Небесный Фантазм Короля Артура - Экскалибур. Классы Сейбер, Арчер и Лансер являются рыцарскими, и обладают иммунитетом к сильной магии. Класс Райдер великолепно обращается со всеми средствами передвижения, Кастер обладает древней, более мощной магией, Берсеркер имеет огромную выносливость и силу за счет потери разума, а Ассассин специализируется на тихих убийствах и может быстро подобрать тактику сражения для любого противника.
Так как Слуга является героической душой, Мастер (если он является магом) может переводить Слугу в призрачную форму. В таком состоянии Слугу видит только его Мастер или другие Слуги. Слуга черпает из Мастера магическую энергию, а если у Мастера ее слишком мало или он не способен ее передавать, Слуга может добывать ее извне, убивая обычных людей. Однако не всякий Слуга пойдет на это. К примеру, Сейбер, являющийся, как правило, благородным рыцарем, не станет убивать людей. После призыва Слуги у Мастера на руке проявляется узор из трех частей. Это командные заклинания. Они позволяют Мастеру заставить Слугу сделать что-либо, даже против его воли. Если у Мастера кончаются командные заклинания, он перестает быть Мастером. Если убить Мастера, его Слуга исчезает. Однако у него остается немного времени, и Мастер, потерявший Слугу, но с оставшимися командными заклинаниями и Слуга, потерявший Мастера могут заключить договор и объединиться.
Семь (или больше) пар Мастеров и Слуг ведут битву за Святой Грааль. Это древний артефакт, способный выполнить любое желание владельца. Грааль становится материальным только тогда, когда в живых остается только один Слуга. Если он касается Грааля, тот переходит во владение Мастера и Слуги, и те могут загадать любое желание.